Se modificate l’ordine delle partizioni sul disco rigido, probabilmente avrete parecchi problemi, poiché le lettere di unità delle partizioni sono state modificate. Alcuni boot loader potrebbero non essere più configurati correttamente. Sotto Linux, probabilmente dovrete effettuare il boot da un disco di emergenza, modificare il file \etc\fstab e riconfigurare Lilo per poter effettuare nuovamente il boot. Se ripristinate un sistema operativo al di fuori del limite di 2 o 8Gb, probabilmente il disco non potrà mai effettuare il boot.
Possono esservi problemi anche se ripristinate più partizioni situate su dischi rigidi differenti su un altro disco rigido e dimenticate di aggiungere una partizione di boot o di marcare una delle partizioni come attiva. In questo caso sarà necessario impostare come attiva una partizione attraverso un dischetto di boot.
Se effettuate il ripristino di un sistema operativo da una piattaforma hardware ad un’altra differente, potreste avere problemi ad effettuare il boot, poiché probabilmente non saranno installati i driver corretti per il nuovo hardware. Dovrete provare se il sistema funziona oppure no, poiché i risultati possono essere differenti a seconda dei casi.
Se effettuate il ripristino di un backup su un disco rigido più grande, otterrete dello spazio su disco non utilizzato. Per utilizzare l’intero spazio disponibile dovrete creare un’altra partizione o ridimensionare quella esistente con programmi come PowerQuest Partition Magic, poiché Nero non consente il ridimensionamento delle partizioni.